Com licenciatura em Economia da Faculdade de Economia do Porto, Rui Sã Morais detém ainda Curso de Pós-graduação em Finanças Empresariais na Universidade Lusíada.
Profissionalmente, colaborou, na área de Análise de Projectos, da empresa Morais & Morais - Contabilidade e Auditoria, Lda, entre 1998 e 2013.
Em 2001, integrou os quadros do Grupo TMG (Têxtil Manuel Gonçalves) onde exerceu, na TMG Automotive, as funções de Financial Manager. Desempenhou ainda as funções de Financial Adviser em empresas detidas pelo Grupo TMG, como é o caso da Helisuporte, Heliportugal, TTC Aviation, Casa Agrícola de Compostela, Caves Transmontanas e CVQ - Distribuição e Comércio de Bebidas, desempenhou também funções de Controller na Unidade de Malhas da Têxtil Manuel Gonçalves, S.A. do Grupo TMG, acumulando com a função de responsável pelo Departamento Logístico.
Entre 2000 e 2001, desempenhou no Sporting Clube de Braga, funções de Economista, integradas no Departamento Financeiro (através deste clube, exerceu iguais funções na Sporting Clube de Braga - Futebol, S.A.D. e na Investibtaga - Investimentos Imobiliários, S.A.).
Tomou posse como Administrador Executivo da AGERE - Empresa de Águas, Efluentes e Resíduos de Braga, EM, a 15 de novembro de 2013, cargo que desempenhou até 31 de Dezembro de 2017.
Em 03 de Março de 2015 foi nomeado Administrador Não Executivo da SGEB - Sociedade Gestora de Equipamentos de Braga S.A.
Desde 01 de Janeiro de 2018 é Presidente Não Executivo do Conselho de Administração da AGERE, bem como Presidente Executivo do Conselho de Administração da Braval – Valorização e Tratamento de Resíduos Sólidos, S.A., empresa que procede à valorização e tratamento dos resíduos sólidos, no Baixo Cávado.